Vorgeschichte:
Vor Äonen von Jahren, entstand an einem unbekannten Ort, fernab von der Erde, eine Welt mit dem Namen Leyana. Ihre Oberfläche war schwarz, felsig und öde, seine Atmosphäre bestand zum größten Teil aus giftigen Gasen, die jedes Leben unmöglich machten. Es gab zwar Wasser, jedoch war dieses verschmutzt und verseucht, so grün, dass man es fast nicht als Wasser identifizieren konnte. Es gab zwar eine Sonne, welche die Welt beschien, doch dichte Wolkenschwaden verdeckten jeden Lichtstrahl, sodass man sie nur erahnen konnte.
Auf dieser Welt schufen dunkle Mächte, deren Existenz länger zurückliegt als das Universum selbst, finstere Dämonen und Kreaturen. Diese lebten fortan auf Leyana und labten sich an der Verderbnis, die der Welt innewohnte.
Die Verseuchung reichte bis tief ins Innere der Welt. Nur ein Ort blieb davon verschont: Eine Höhle, welche die Dämonen aufgrund ihrer Aura mieden. Denn diese Höhle, in einem tiefen Tal eines Gebirges gelagert, war von einer kosmischen Präsenz erfüllt. Diese Energie, das Aurea, wie man es später bezeichnen würde, vertrieb die Krankheit und Seuche aus der Höhle, und erleuchtete diese, hell wie eine Sonne, und doch mild wie eine Kerze.
Nach einiger Zeit begann sich Leben in der Höhle zu entwickeln. Das Aurea formte die Höhle so, dass dieses Wunder möglich wurde. Aus giftigem Schleim wurde reines Wasser, das wie ein Fluss durch diese Höhle floss. Aus trockenem Felsenboden wurde fruchtbarer Humus, und die Luft wurde am einzigen Zugang zur Höhle gereinigt. So spiele sich dort eine Evolution ab, bis sie schließlich ihren Höhepunkt, ganz ähnlich der Erde, die fast parallel entstand, im Menschen erreichte.
Noch niemals hatte je ein Lebewesen die Höhle verlassen, ohne sofort einen qualvollen Tod zu sterben. Am Anfang begnügten sich die Menschen auch damit, ein Höhlensystem und unterirdische Städte zu errichten. Doch bald, als wie im Zeitraffer neue Technologien entstanden (die Menschen in dieser Höhle hatten aufgrund der Aurea eine höhere Intelligenz), strebten sie es an, die Außenwelt zu erkunden. So entwickelten sie Schutzanzüge, Fahrzeuge, und vieles mehr. Rohstoffe im Übermaß wurden ihnen von der Energie aus dem Berg geboten. Doch all dies half nicht. Denn die ersten, die die Außenwelt betraten, geschützt durch jene Technologien, schafften es aus dem Tal, wo sie von den Dämonen niedergemetzelt wurden. Aber im Endeffekt schafften sie es, die Höhle endgültig zu verlassen, die Welt zu reinigen und bewohnbar zu machen.
Doch dies alles wäre nicht möglich gewesen, wenn die Menschen nicht die Nutzung des Aurea Energie erforscht hätten. Sie schafften es, Teile von ihr zu bündeln. Nun entwarfen sie noch eine Maschine, um sie zu sammeln und zu verteilen. Niemand wusste, ob dies klappen würde, aber alle hofften. So rüsteten sie zum Feldzug gegen die Dämonen. Das Ziel war nicht deren Auslöschung, sondern den Kollektor sicher auf einen bestimmten Punkt in der Nähe der Höhle zu bringen, von wo aus er die Kraft der Energie über die ganze Welt verteilen sollte.
Mit knapper Not gelang dies auch, und die Reinigung von Leyana setze wie erhofft sofort ein. Der Grund wurde urbar, das Wasser genießbar, die Luft genügte nun zum Atmen. Voller Erstaunen gingen die Menschen, die in der Höhle geblieben waren, nach außen, und die anderen Rissen sich ihre Schutzanzüge vom Leib. Durch die ehemals dichten Wolken drang reines Sonnenlicht durch, und die Dämonen, obgleich sie nicht vernichtet waren, verstreuten sich in alle Himmelsrichtungen, um sich in den nächsten Jahrtausenden, am Rande der Vernichtung, an einigen Orten zu konzentrieren. Von dort aus wollten sie einst die Dunkelheit wieder über Leyana bringen.
Der Konflikt auf Leyana war der Ursprung von Gut und Böse. Nun entstanden auch anderswo, so auch auf der Erde, Dämonen. Von da an tobte der Krieg zwischen Licht und Schatten. Bis heute hat er kein Ende gefunden.
Terranigma 1:
Die ganze Geschichte beginnt lange Zeit nach diesen Ereignissen auf der Erde. Dieser Planet war in Oberwelt und Unterwelt geteilt. Die Oberwelt erblühte voller Leben, bis zu einem schicksalhaften Ereignis, bei dem die Oberwelt komplett zerstört wurde und sogar die Kontinente versanken. Dann gab es die Unterwelt im Inneren der Erde, eine Hölle aus Eis und Lava. Nur ein Dorf existierte dort: Krysta. Dort beginnt die Geschichte.
Ark, ein einfacher Junge ohne Eltern, öffnet aus Versehen eine magische Truhe im Keller vom Haus des Dorfältesten. Daraufhin erfrieren alle Dorfbewohner, es taucht aber auch ein Wesen namens Fluffy auf. Es erklärte ihm, dass er nun der neue Besitzer der Truhe, der Büchse der Pandora, sei. Vom Weisen, der als einziger nicht erfroren ist, erfährt Ark, dass er Krysta verlassen(was bislang niemand je getan hat), die Unterwelt erkunden und so die Bewohner von Krysta befreien soll.
In der Unterwelt findet er die fünf Türme des Bösen, wo er jeweils nach zahllosen Prüfungen einen Teil der Bewohner rettet, und auch noch die Kontinente der Oberwelt aus den Meerestiefen hebt.
Am Ende seiner Prüfungen wird Ark vom Weisen durch einen neu entstandenen Spalt zur Oberwelt geschickt, nicht ohne sich schweren Herzens von seiner Freundin Melina trennen zu müssen. Dort soll er für das Wachstum aller Lebewesen sorgen.
Die Oberwelt liegt indes brach. Aber Ark belebt nun Schritt für Schritt die Lebewesen wieder. Am Ende seiner Mission erscheint endlich die Menschheit wieder auf dem Antlitz der Oberwelt.
Nach weiteren gefahrvollen Reisen gelangt er in das Labor des Wissenschaftlers Beruga. Dieser tötet ihn benahe. Nun erfährt Ark, dass er die Welt nur deshalb retten sollte, damit sie Beruga regieren könnte. Dieser ist jedoch mehr oder weniger dem Wahnsinn verfallen: Er möchte alle Menschen unsterblich machen, was er darunter versteht dass er sie in Zombies verwandelt. Alle für ihn unwürdigen will er jedoch Mithilfe eines Virus auslöschen, der schon damals den Untergang der Oberwelt verursachte.
Nun muß Ark die fünf Mondsteine beschaffen, um „den wahren Helden“ zu rufen. Dabei wird Ark jedoch von seinem zweiten Ich getötet (hier erfährt er, dass er selber die dunkle Seite vertrat). Er wird widergeboren, doch nun ist eine Hälfte seiner Seele hell, während die andere weiterhin vom Bösen stammt. In den darauffolgenden Ereignissen wird Melina, Arks Freundin, die vom Weisen der Unterwelt zur Oberwelt geschickt wurde, getötet.
Dann schafft es Ark mit Hilfe einiger alter Gefährten, Beruga zu stoppen, jedoch muß er ihn dazu töten. Seine Freunde Roy und Fyda, die er relativ früh kennen lernte, stürzen jedoch dabei mit dem Flugschiff ab, mit dem Beruga fliehen wollte.
Beruga rief vor seinem Tod noch den Namen seines Verbündeten der Bösen Seite: Ragnara. Mit diesem Wissen ausgestattet kehrt er nun durch das erneut geöffnete Portal zur Unterwelt zurück, wo ihm der Älteste offenbart, dass er der Gott der Unterwelt ist. In einem finalen Kampf besiegt Ark den Herrn der Unterwelt, womit er aber einen Teil seiner Seele vernichtet. Nun wartet er, zusammen mit der restlichen Unterwelt, auf die endgültige Vernichtung.
Daraufhin träumt Ark einen Traum. Er träumt, er wäre eine Möve. Hier beginnt Terranigma 2 - The Continuance.
Als er von diesem Traum erwacht, steht ein Mann vor ihm. Erstaunt darüber, dass er noch lebt, erfährt Ark von diesem Mann namens Godrik , dass er durch ein Portal von der geheimnisvollen Welt Leyana auf die Erde gekommen zu sein. Er scheint sehr viel über Ark und die Erde zu wissen, doch er gibt als Grund nur an, dass Melina, Arks Freundin, auf Leyana wiedergeboren wurde. Ark ist über die ganze Situation sehr verwirrt und verängstigt, da ihm noch immer die Vernichtung bevorsteht, jedoch kennt Godrik einen Weg, wie Arks bevorstehender Tod verhindert werden kann und seine Seele geheilt wird.
Dies glückt, und Godrik macht sich mit Ark auf den Weg nach Leyana. Die Welt wurde, nach einem längeren Krieg zwischen den Menschen, von einer Bombe zerstört. Diese Bombe hatte den Kollektor destabilisiert. Er setzte das Aurea frei, und Leyana fiel wieder in den alten Zustand zurück. Godrik hatte Glück, dass er überhaupt überlebte. Er ist der einzige, der dieser Katastrophe nicht zum Opfer gefallen ist.
Aus Melinas Erzählungen und einigen anderen Gründen, hat er Ark als den richtigen auserkoren, das Aurea wieder in den Kollektor zu überführen. Doch als Ark und Godrik beim Portal auf Leyana ankommen, ist die Energie, die bei Godriks ‚Abreise‘ noch über der Burg, wo der Kollektor stand schwebte verschwunden. Godrik hat keine Ahnung wo sie sein könnte, deshalb schickt er Ark auf Erkundungsmission durch die neue Welt.
Nachdem Ark diese Queste beendet hat, ist Leyana wieder rein, wie vor der Explosion. Der Krieg wurde beigelegt, und es scheint Ruhe und Frieden zu herrschen. Doch ist dies wirklich der Fall? Denn das Böse schläft nie. Noch weitere zahllose Aufgaben erwarten Ark, bis sich endlich alle Geschehnisse geklärt haben.